Začiatok Druhej Vojny
Orkovia tiež získali slušné množstvo spojencov. Warchief Doomhammer úspešne najal Trollov z Lordaeronu, ktorí boli dlhodobými nepriateľmi Elfov. K Horde sa tiež pridali vynaliezaví Goblini, poskytli jej svoje Zeppeliny a iné užitočné vynálezy. Ogrovia, mohutní obrovia z Deaenoru sa pridali k Horde ako tuhí bojovníci. Synovia Blackhanda, Rend a Meim úspešne vykonali únos Dračej kráľovnej Alexstraszy. Warlock Nekros Skullcrusher využil Demon Soul, zradný Deathwingov artefakt na prinútenie kráľovnej k poslúchnutiu jeho rozkazov. Uväznená v adamantíniovej oceli bola mučená a držaná ako rukojemník. Keď sa z jej vajec vyliahli smrtiace Dragon whelpy tak ich orkovia využili na službu Horde.
Nasledovala rada námorných víťazstiev, pri ktorých sa Aliancii podarilo vytlačiť Hordu z Lordaeronu. V Elfskom kráľovstve Querl'Thalas však číhalo nebezpečenstvo...
Posledná Gul'danova úloha
Gul'dan, mocný Orkský warlock bol do Quel'Thalasu prilákaný slávnym Elfským artefaktom, Runestonom v Caer Darrow. V dávnych vekoch elfskí druidovia vyrobili monolith a zapísali na neho magické runy ochrany. Runestone bol ťažko strážený na opevnenom ostrove v jazere Darrowmere. Aj tak sa Gul'danovi podarilo vtrhnúť na ostrov a zmocniť sa Elfskej pamiatky. Warlock potom prikázal rozrezať Runestone na pláty a vystaval z nich nesväté oltáre. Tieto oživili hrôzostrašných Ogre Mágov.
S pádom Caer Darrowu sa vojna usadila na severe. Horda sa pekne uchytila na väčšine územia Quel'Thalasu a Humanské zásobovacie línie do Elfského kráľovstva boli odrezané. Stratholme, hlavný zdroj oleja pre Alianciu v tomto regióne bol zničený Orkským námorníctvom. Destroyeri a Juggernaughty vyhodili jeho olejové veže a rafinérie do vzduchu. Po Stratholme v Quel'THalase zostalo len pár Elfských a Humanských obrancov. Čoskoro padli a Quel'Thalas padol do rúk Horde.
Kým Doomhammer zameral svoju pozornosť na dobývanie Quel'Thalasu, Gul'dan a jeho Stormweaver Clan využil zmätok na quest nájdenia hrobky pána démonov Sargerasa. Cho'gall, rešpektovaný orkský čarodejník a Twilight's Hammer Clan sprevádzali Gul'dana v jeho zrade. Gul'danovi sa podarilo z mora vyzdvihnúť vulkanický ostrov na ktorom spočívala Sargerasova Hrobka. Warlock otvoril hrobku a vypustil tak veľkého vládcu Burning Legion na slobodu. Hneď po tom sa nazúrený Doomhammer dozvedel o Gul'danovej zrade. Warchief nariadil okamžité vyhladenie klanov Stormweaver a Twilight's Hammer. Jeho bojovníci sa úspešne vrátili s hlavou Gul'dana.
Aliancii zvoní zvon
Misky váh vo vojne sa časom naklonili na druhú stranu. Aliancia podporovaná svätými Paladinskými bojovníkmi začala oslobodzovať veľké časti okupovaného Quel'Thalasu. Knighti Silver Handu čistili krajinu z Orského zamorenia. Quel'Thalas bol onedlho znovu v rukách Aliancie, no veľká časť krajiny bola zničená a navždy stratená.
Nečestný Lord Perenolde z Alteracu zradil Alianciu a získaval na svojej tajnej dohode s Hordou. Pasca na Elfských lukostrelcov pri Tarren Mille bola dielom Alterackých špiónov. Alterackí agenti v krajinách Aliancie vyvolávali vzbury - podarilo sa im to napríklad v Tyr's Hand. Alteracké lode sa tiež pokúsili zabiť Uthera Lightbringera, vodcu Paladinov a hlavného zástupcu Arcibiskupa Alonsa Faola, práve keď cestoval do Care Darrow. Hneď ako sa o týchto skutočnostiach dozvedel Kráľ Terenas, vydal rozkaz na okamžitý útok na Alterac. Po krátkom boji Aliancia začala okupovať hlavné mesto a krajinu. Horda stratila Humanského spojenca a začala s masívnym ústupom do Azerothu. Počas úniku jej Aliancia zničila veľkú časť flotily. Gnómske ponorky pomáhali pri ničení mnohých lodí a tým sa nikdy nepodarilo dosiahnuť severné pobrežie Azerothu. Horde bol zasadený zdrvujúci úder a jej vyhladenie bolo len otázkou času.
Aliancia sa mobilizovala a pripravovala na útok na Azeroth, aby raz a navždy skončila s Orkskou hrozbou. Lord Lothar sa pokúsil spojiť s Warchiefom Doomhammerom. Schôdzka však bola pascou. Orkovia a Ogrovia roztrhali Lothara a jeho skupinu na kusy. Medzi tími, čo prežili bol veľký Paladin Turalyon. Aliancia rozzúrená smrťou svojho veliteľa zaútočila pod vedením Admirála Proudmoorea na hlavnú Orkskú základňu, na Blackrock Spire. Po prudkom boji pevnosť v horách konečne padla mečom Aliancie. Archmage Khadgar použil svoju mágiu na zničenie portálu a nad Black Morassom sa rozhostilo ticho. Aliancia obkľúčila preživších Orkov a umiestnila ich do táborov. Členom klanu Bleeding Hollow Kilrogova Deadeya sa podarilo uniknúť Humanským prieskumníkom. Jeho klan počas úteku na severovýchod zmizol v divočine.
Jeden nezvestný
S porážkou Warsongského klanu pri Grim Batole zostal voľný už len jeden klan. Zoschlý orkský veliteľ Kilrogg Deadeye zaviedol svoj klan hlboko do úkrytu Black Morassu. Tam sa klan schovával pred pomstychtivými elfskými rangermi. Warchief Doomhammer bol pri bitke pri Dark Portale zajatý a bol predvedený pred Kráľa Terenasa.
Orkská Horda už nebola vnímaná ako problém. Humanská aliancia, ktorá už nebola pod tlakom otázky vlastného prežitia začala prejavovať určité slabosti. Vodcovia Stromgarde a Gilneasu nesúhlasili s plánom Lordaeronu na umiestnenie Orkov do internačnch táborov. Po boku Lordaeronu zostal v tejto otázke len nový mladý kráľ Azerothu Varien Wrynn.
Aj keď bol Dark Portal zničený archmágom Khadgearom, jazva Trhliny stále zostala. Nad Black Morassom visela ako vševidiace oko. V Kirin Tore sa mágovia čo vytvorili vládu Dalaranu rozhodli vystavať pri trhline pevnosť, ktorá by ju strážila. Bola postavená citadela NetherGarde a pre Azeroth symbolizovala nového Guardiana.
Na začiatku leta sa nad Black Morassom začala zhmotňovať temnota hustá ako atrament. Mágovia Nethergarde hľadali spôsob ako ju rozptýliť a snažili sa nájsť jej zdroj. Jediná informácia, ktorá sa im podarila získať bola, že trhlina znovu rástla. V V temnote boli počuť zvuky armády zloženej zo stoviek bytostí, zvuky pripomínajúce rozpadávajúce sa brnenie a škriekanie dragon whelpov. Keď temný mrak prešiel cez trhlinu tak v absolútnom tichu zostal len jediný hlas potichu šepkajúci: "Vrátime sa?"
Druhá Vojna sa ešte úplne neskončila.Deathwingova lesť
So zničením Alteracu a oslobodením Zarothu sa do severných krajín vrátil mier a pokoj. V Aliacii sa však začala prejavovať trpká mrzutosť. Horda už nepredstavovala hrozbu a tak sa vodcovia Humanských národov začali pýtať na zmysel a cenu Aliancie. Naviac chcel mať každý národ časť podrobenej krajiny Alterac, ktorá v prvých fázach Druhej Vojny zradila Alianciu.
Kým sa Aliancia medzi sebou hašterila, Deathwing, zradný čierny drak nepriznal príslušnosť ku ktorejkoľvek zo strán vo vojne. Namiesto toho hľadal spôsob, ako do krajiny priviesť chaos a deštrukciu. Jeho snom bolo zničenie všetkého živého a zanechanie Azerothu napospas jeho vláde a vláde jeho vyvolených. Humanov, Orkov a Elfov zabíjal s rovnakou nenávisťou. Drakov, ktorí neboli z jeho rodu sa však zbavoval so zvrhlou radosťou.
Zákerný a silný drak vymyslel spôsob ako naplniť sovje vízie sveta bez života. Získal ľudskú podobu udatného šľachtica, Lorda Prestora. Pomocou čarodejníctva a mágie bol schopný presvedčiť vodcov Aliancie o jedinom spôsobe riešenia Alterackej situácie - jeho dosadením na trón. Ak Aspekt Chaosu túto pozíciu získal, mohol by pomedzi rasami šíriť paniku a smrť, čo by malo za následok totálnu vojnu. Len čarodejníci Dalaranu za pomoci Krasusa, Humana z červeného draka Korialstrasza videli v Prestorovi Deathwinga. Deathwingovi sa podarilo obrátiť Alianciu proti Kirin Toru a jeho čierna mágia siahala tak vysoko, že ovplyvnila aj kráľa Terenasa z Lordaeronu a uvrhla bezbranného muža pod kúzlo ovplyvňujúce jeho myseľ.
Temný drak tiež vykonštruoval uväznenie Alexstraszsy Orkami a zaisil, že sa Demon Soul dostala do rúk Hordy. Aj keď kliatba, ktorá Deathwingovi zabraňovala zlatý disk používať stále trvala, neposkytovala žiadnu ochranu pred tým, aby Temný nemohol manipulovať s ostatnými čo disk ovládali. Deathwing už nemal vlastnú letku a preto si želal, aby Horda pre neho vyšľachtila Alexstraszyných drakov. Neskôr chcel dračie vajcia ukradnúť Horde a vychovať z nich vlastných nasledovníkov na jeho ceste zla.
Koniec druhej vojny
Medzitým sa druhá vojna chýlila ku koncu. Hlavná bitka sa odohrala v Khaz Modane, kde sa Horda pokúsila napadnúť sever pešou armádou. Našťastie sa hrdinovia z Kul Tirasu a Stromgardu stretli tvárou v tvár s Orkskami pri starobylom Dwarfskom meste Dun Modr. Aj keď divoká Horda zdecimovala okolitú populáciu, Aliančné jednotky boli znovu úspešné v prenasledovaní. Orkovia boli prinútení k ústupu na juh cez Thandol Valley do záložnej pevnosti v Dun Algaze. Knightovia Aliancie bezodkladne smerovali do Dun Algazu, aby Orkom nedali čas na preskupenie a odpočinok. Humanskí bojovníci tam vybojovali ťažkú bitku a pozabíjali utekajúcich Orkov. So zničením Dun Algazu v Khaz Modane zostala len jedna Orkská pevnosť v Grim Batole.
Pri pokuse ukončiť možnosti Hordy rozmnožovať sa sa Kirin Tor rozhodol oslobodiť pri Grim Batole Alexstraszu. Na radu Krasusa poslali vykonať tento čin mága Ronina. Falstad, Dwarfský bojovník a Vereesa, Elfská Rangerka na tejto ceste Ronina sprevádzali.
Medzitým bola Alexstrasza držaná v zajatí pod dohľadom warlocka Nekrosa Skullcrushera.Grim Batol bol primárnou základňou Hordy v Dwarfskej krajine. Lord Lothar nariadil infiltráciu základne. Po prudkej bitke Humani prevzali nad základňou kontrolu a Orkovia museli Khaz Modan opustiť.
Orkský Warlock Nekros Skullcrusher použil disk na uväznenie Alexstraszy - tak ako Deathwing predpokladal. Warlock ju udržiaval v stave neustálej bolesti a vytvoril ohnivého golema ktorý strážil jej väzenie.
Nakoniec sa všetky dračie Aspekty stretli v boji proti Deathwingovi. Aj všetci štyria stále pre temného draka nepredstavovali hrozbu. Väčšina síl Aspektov zostala uväznená v Demon Soule a tak boli len vládli len zlomku svojich niekdajších síl. Sily Aspektov boli obnovené ked Humanský mág Rhonin zničil disk s pazúrom Deathwinga. Len potom boli Aspekty schopné poraziť zradcu Deathwinga.